El Consejo se constituye por decreto del Presidente Ricardo Lagos en noviembre de 2005, siendo presidido en su comienzo por el ex senador Edgardo Boeninger, labor que culmina con la entrega de un informe con los lineamientos generales para la elaboración de una estrategia nacional de innovación para la competitividad de largo plazo.

Consejeros
Edgardo Boeninger Kausel (Presidente)
Ministro de Hacienda – Nicolás Eyzaguirre Guzmán
Ministro de Economía – Jorge Rodríguez Grossi
Ministra de Educación – Marigen Hornkohl Venegas
Juan Asenjo de Leuze
Eduardo Bitrán Colodro
José Joaquín Brunner Ried
Juan Claro González
Servet Martínez Aguilera
Patricio Meller Bock
Bruno Philippi Irarrázabal
Vicepresidente Ejecutivo de CORFO, Oscar Landerretche Gacitúa
Presidente de CONICYT, Eric Goles Chacc
Secretario Ejecutivo – Subsecretario de Economía, Carlos Álvarez Voullième