Este documento da cuenta del diseño y aplicación de un modelo de monitoreo CTCI -realizado por el área de monitoreo y seguimiento del Consejo Nacional de Innovación para el Desarrollo (CNID)-, que busca caracterizar las capacidades CTCI y desempeño y contribución a grandes retos nacionales, a partir del caso del reto de la sostenibilidad del recurso hídrico en Chile. El trabajo se enmarca en una extensión de lo que hoy se entiende por sistema de innovación, integrando elementos del enfoque de innovación transformativa, que considera, además de los elementos que componen el “sistema” y sus características, las interrelaciones entre éstos, los elementos de contexto y la direccionalidad de las políticas. Así, se buscó incorporar variables que permitieran reflejar la riqueza y diversidad de las redes, la multiplicidad de actores que conforman el sistema, elementos como la confianza, la cultura y diversas externalidades o resultados de la actividad CTCI, así como el propio dinamismo del sistema; todos, elementos que no están presentes en los enfoques más tradicionales y que se han utilizado en nuestro país hasta ahora.