La Presidenta Michelle Bachelet renueva el mandato del CNID en 2006 y nombra como presidente del mismo al ex ministro de Hacienda, Nicolás Eyzaguirre, quién finaliza su mandato haciendo entrega al Ejecutivo de la Estrategia Nacional de Innovación para la competitividad.

Consejeros
Ministro de Economía, Fomento y Turismo
Ministro de Educación
Ministro de Hacienda
Ministro de Agricultura
Ministro de Obras Públicas
Nicolás Eyzaguirre Guzmán
José Benavente Hormazával
Ricardo Barrenechea Aguayo
Mario Montanari Mazzarelli
Claudio Bunster Weitzman
Mauricio Medel Echeverría
Celia Alvariño Vidal
Bruno Phillippi Irarrázabal
Edgardo Boeninger Kause